Il simpaticone (nulla da eccepire per carità) non consente di inserire metodi come i form o script...
Per cui, se proprio necessiti di qualche metodo che JCE toglierebbe, devi fare così:

1. Vai su Componenti -> JCE Admin -> JCE Configuration
2. Alla voce Extended Elements inserisci tutti i metodi che vuoi consentire, con la seguente sintassi:
metodo1[parametro1|parametro2|...],metodo2[parametroA|parametroB]
Di seguito un esempio: form[action|method|target],input[alt|class|checked|id|maxlength|name|onblur|onfocus|size|src|type|value],script[language|src|type]